Antakya bir Yunan şehri olmasına rağmen, düşüncelerinde en büyük etki Yahudilikten geldi. Antakya’daki Hıristiyanlar, İsa’nın dünyevi yaşamının coğrafi ve tarihi konumu olan Celile ve Kudüs ile her zaman yakın bir ilişki içindeydiler. Bu nedenle, İsa’nın yalnızca insan olarak göründüğü öğretisi olan Docetizm’e yönelik herhangi bir eğilime şiddetle karşı çıkarak, İsa’nın tarihsel ve insani doğasını vurgulama eğilimindeydiler. İsa’nın insanlığını vurgulayarak, Oğul’u Baba’ya tabi bir konuma yerleştirme eğilimindeydiler.
Buna karşılık, İskenderiye’deki arka plan, Philo tarafından Yahudi düşüncesiyle birleştirilen özellikle Platon’dan gelen Yunan düşüncesiydi. Bu nedenle, felsefi sorularla meşguldüler ve bu nedenle Tanrı’nın aşkınlığını, Mesih’in ilahi doğasını ve ilahi Logos doktrinini vurguladılar. Bu nedenle İskenderiye’nin Docetizm’e doğru bir eğilim geliştirmesi neredeyse kaçınılmazdı.
Antakya, İsa’nın insani yanını vurguladığı için, Kutsal Yazıların yorumlanmasına yaklaşımları kesinlikle gerçek ve tarihseldi; İskenderiye’nin özelliği haline gelen alegorik yaklaşımı şiddetle reddediyordu, çünkü bu onların teolojiye daha felsefi yaklaşımlarına uyuyordu.
Antakya, ilk olarak Piskopos Theophilus tarafından tarif edildiği gibi, İsa tarafından bir “üçlü” olarak vahyedildiğini öğrettikleri Tanrı’nın birliğine büyük önem verdi. Teslis’i üç Tanrı olarak tanımlamaktan kaçındıkları için, Tanrılığın üç üyesini yalnızca işleyiş tarzlarıyla ayırt etme eğilimindeydiler. Bu onları Sabellianizm veya modalist monarşizm öğretmekle görevlendirdi. Pozisyonları ‘Ekonomik Teslis’ olarak bilinir hale geldi.
Ayrıca İsa’daki ilahi ve insani unsurlar arasında o kadar büyük bir ayrım yapma eğilimindeydiler ki, bazı öğretmenler iki ayrı varlık olduğunu söylemeye başladılar. Bu eğilim sonunda Mesih’te iki ayrı kişinin doktrini olan Nasturiliğe yol açtı.
Buna karşılık, İskenderiyeliler, özellikle Sabellianizm suçlamasından kaçınmak için, Tanrılığın üç üyesi arasındaki ayrımı korumaya hevesliydiler. Bu nedenle, Tanrı’nın çoklu karakterini vurgulayarak, üç Tanrı inancına (üç teizm) yöneldiler. Bu konum, ‘Çoğulcu Teslis’ olarak bilinir hale geldi. Mesih’teki ilahi doğaya böylesine büyük bir vurgu yaptıkları için, yavaş yavaş Mesih’teki tek ilahi doğa doktrini olan Monofizitizm’e doğru ilerlediler.
Antakya ve İskenderiye’nin teolojik konumlarının kademeli olarak kutuplaşması, sonunda beşinci yüzyılın Kristolojik ihtilaflarına yol açtı.
Antakya Kilisesi, Hristiyanlığın erken yayılışında önemli bir rol oynamış ve erken dönemlerden itibaren düşünce alanındaki önemli hareketlerin merkezi olmuştur. Organize bir Hıristiyan eğitim okulu gibi herhangi bir şeye en ciddi referans, MS 269’da Samosata’lı Pavlus’un sapkınlığının kınanmasıyla bağlantılı olarak gerçekleşir. Antakya’da toplanan ve Pavlus’u mahkum eden bir Piskoposlar Konseyi’nde, Pavlus’un öğretisi, Antakya’daki bir Yunan eğitim okulunun başkanı olan bir papaz olan Malchion tarafından ifşa edildi.
Bununla birlikte, Antakya Okulu’nun ilk kez açıkça ortaya çıktığı, hazırlayıcı ve şehit olan Lucian (MS 311 veya 312’de öldü) zamanındadır. Edessa okullarında ve Caesarea’da okuduğu söylenir. Samosatalı Pavlus’un öğretisinin Lucian üzerindeki etkisi açıktır ve MS 270 ile 299 arasında Kilise’nin cemaatinin dışında kalmış gibi görünmektedir. Onun öğretisi, Pavlus’un Evlat Edinmeciliği ve Kökenin Logos Kristolojisi. Aynı zamanda yaratılmış bir logos fikrini öğretmiş ve bu bakımdan en mantıklı ifadesini Arianizm’de bulan bir geleneği müritlerine devretmiştir. Lucian Okulu, Arian doktrininin anaokuluydu. Ariusçu liderler, Nicodedia’lı Arius ve Eusebius, Lucian’ın öğrencileriydi.
Antakya Okulu’nun iki belirgin özelliği şunlardı: (1) Aristoteles’in diyalektik felsefesinin kullanılması; (2) Kutsal Yazıların gramer ve literal yorumu.
Daha sonraki Antakya Okulu’nun tarihi, MS 378-394 yılları arasında Tarsus piskoposu Diodorus ile başlar. Basileios ile olan dostluğu, Kapadokya ve Antakya ortodoksluğu arasındaki birliğe işaret etmesi açısından önemlidir. Apollinarizm’e muhalefetinde, daha sonraki zamanlarda onun Nestorianizmin öncüsü olarak görülmesine neden olan Mesih’in kişisi kavramlarına yönlendirildi. Antakya Okulu’nun en ünlü iki temsilcisi Theodore ve Chrysostom’un ilham kaynağı ve öğretmeniydi.
Mopsuestia piskoposu Theodore (MS 429’da öldü), ustası Diodorus’un öğretisini geliştirdi. Günah ve düşüş, özgür irade ve lütuf hakkındaki öğretisinde Pelagiusçularla temas noktaları vardır; ve Kristolojisinde, Nestorius’un doğrudan habercisiydi.
Konstantinopolis piskoposu John Chrysostom (MS 407’de öldü), bu Okulun bir başka temsilcisiydi. Tam bir ilahiyatçıdan ziyade popüler bir öğretmen ve vaizdi ve Kutsal Yazılar üzerine yaptığı, insan doğasına dair derin bir kavrayışla işaretlenmiş yorumları, eleştirel bir öğrenciden ziyade bir hatipin işidir.
431’de Kilise tarafından Nasturiliğin kınanması, Antakya Okulu’nun gelişimi ve büyük temsilcilerinin itibarı için ölümcül oldu. Ancak, Nasturiliğin yasaklanması Antakya Okulu için ölümcül olup gerilemesine yol açarken, öğretimi Edessa ve Nisibis okullarında Nasturi etkisi altında sürdürüldü.
Antakya okulunun daimi hizmeti, vahiy faktörlerine ve yöntemlerine ilişkin tek taraflı bir görüşü düzeltme çabasında yatar. İster ilhamda olsun, ister Mesih’in kişiliğinde veya lütuf ve özgür irade ilişkilerinde, İlahi olandaki insan unsurunu kaybetme eğiliminde olan duygusal, mistik dine, onur ve insan doğasına değer. İskenderiye teolojisi İlahi yönden başlayıp tüm sonuçlarını kaynak olarak bundan çıkarırken, Antakyalılar insan doğasının ve deneyiminin gerçeklerinin dikkatli bir şekilde incelenmesinden oluşan tümevarımcı ve akılcı yöntemi izlediler. Birinin felsefi temeli Platoncuyken, diğerininki Aristotelesçiydi. Kristolojide Antakya okulu, dikkatini tarihsel Mesih’e odakladı: ilham doktrininde Kutsal Yazıların doğrudan ve tarihsel referansını onayladı: antropolojide insan özgürlüğünün gerçekliği üzerinde ısrar etti. Enkarnasyonun amacını, insanı günahın sonuçlarından kurtarmaktan ziyade, insanın kaderinin başarısı olarak görüyordu. Emrin kışkırttığı mücadele ve çatışma, insanı seçme özgürlüğünü ve zayıflığını gerçekleştirmesi için eğitmenin ve böylece onu tutkulara ve ölümlülüğe tabi olma aşamasından daha yüksek ölümsüzlük ve günahsızlık yaşamına yükseltmenin bir aracı haline geldi. İsa tarafından onun için kazanıldı. İki bakış açısı, İskenderiye ve Antakya, Hıristiyan teolojisinin tamamlayıcı yönlerini temsil eder.